Bei Betriebsprüfungen werden grundsätzlich sämtliche Daten und Unterlagen gesichtet, die für die jeweilige Prüfung von Bedeutung sind. Prüfungen finden auch in Unternehmen statt, deren Berufsträger zur Verschwiegenheit verpflichtet sind, wie z. B. Ärzte, Rechtsanwälte oder auch Apotheker. Hier gilt es einige Besonderheiten zu beachten.

So hatte das Finanzgericht Münster (FG) in seinem Urteil vom 28.6.2018 über einen Fall entschieden, bei dem eine Betriebsprüfung bei einem Apotheker stattfand. Dieser zeichnete seinen Warenein- und -ausgang mit einer PC-Kasse und einem entsprechendem System elektronisch auf. In diesem Zusammenhang wurden auch Daten, die unter die Schweigepflicht fallen, aufgezeichnet. Aus diesem Grund verweigerte der Apotheker dem Finanzamt die Herausgabe der Daten.

Das sah das FG jedoch anders und entschied dazu, dass der Steuerpflichtige die Herausgabe der Daten nicht verweigern darf. Dem Steuerpflichtigen steht ein Auskunfts- und Vorlageverweigerungsrecht zu. Die Daten können dafür vorab elektronisch so organisiert bzw. sortiert werden, dass es möglich ist, die vertraulichen Daten vor dem Finanzamt zu schützen. Macht der Steuerpflichtige von dieser Möglichkeit keinen Gebrauch, kann das Finanzamt die Daten trotzdem einsehen. Das Risiko liegt dabei beim Steuerpflichtigen.